中小企業の特典ではないが、特段手続きをせず、一定の規模の会社にならなければ、
当初2期は消費税が免税業者のままになる。

ここで、3期目には消費税課税業者になるのであるが、中小企業の場合、簡易課税を使った方が
得なことが多い。しかし、本則のままの方が特になる場合がある。

「免税事業者が新たに課税事業者となる場合に、課税事業者となる日の前日において所有する棚卸資産のうちに、
納税義務が免除されていた期間において仕入れた棚卸資産がある場合は、その棚卸資産に係る消費税額を
課税事業者になった課税期間の仕入れに係る消費税額の計算の基礎となる課税仕入れ等の税額とみなして
仕入税額控除の対象とします。」

う~ん、分かりにくい日本語ですね。
要は、期首在庫の消費税も加えて消費税の計算をしていい、ということです。

ということは、免税業者から課税業者になる際に、多くの在庫を持っている場合には、本則の方が
得なことは十分にありえる、ということです。

初年度については、ここも加味して、消費税の区分を検討してください。