法人であれば、先行投資は認められます。 (個人ではその余地はありません)

たとえば、以前ユニクロで、高級トマトを製造販売していたことがありました。
販売前には相当多くの研究費をつぎ込んできたと思います。
これは当然に経費になりますが、何が何でも認められる訳ではありません。

当然、定款に新しい事業のことが記載してあることが最低条件です。
その上で、法人として新しい事業に着手することが明記してある資料をしっかり
残しておくことです。

取締役会で新規事業の着手を明記する、新規事業に関するレポートを作成する、など
様々な方法がありますが、社長の道楽ではなく、法人としてなぜその事業に着手するのか、
そして様々な経費を使った結果、どのように会社に貢献しているのか、ドキュメント化
する必要があります。

資料がなく、調査を迎えた場合には、調査官の疑問に明確に反論できる資料がなかった
場合には、否認されるリスクはかなり高くなると思います。